東南アジア研究所は海外の37の教育研究機関と学術交流協定を締結しており、またアジア・アフリカ地域研究研究科は23の、アフリカ地域研究資料センターは16の学術交流協定を締結しています。
これらの教育研究機関とは日常的に研究者交流や共同研究を実施しており、若手研究者の派遣においてもこのネットワークを活用します。
また現地での安全確保や調査支援にあたっては、過去におこなった21世紀COEプログラム「世界を先導する総合的地域研究拠点の形成-フィールド・ステーションを活用した臨地教育体制の推進」およびグローバルCOEプログラム「生存基盤持続型の発展を目指す地域研究拠点」を通じて拠点形成をおこなった、アジアおよびアフリカの12箇所に設置・運営しているフィールド・ステーションを活用します。