京都大学東南アジア研究所は東南アジア諸国などの多数の大学および研究機関と学術交流協定（MOU, Memorandum of Understanding）を締結しています。京都大学大学院アジア・アフリカ地域研究研究科も含めた、3者間の協定とすることも少なくありません。これらの協定に基づいて、研究者の交流を促し、図書資料や研究論文などの学術情報を交換し、またセミナー、会議、シンポジウムの開催を含めた共同研究を実施しています。

京都大学東南アジア研究所との大学・研究所間交流協定は、インドネシアのハサヌディン大学のほかフィリピン大学、シンガポール国立大学、ハノイ農業大学などと締結され、共同プロジェクトを通じて活発な研究交流が行われています。タイのプリンス・オブ・ソンクラー大学理学部との間では、共同研究および研究者交流に関する覚書（MOU）が交わされています。また、ミャンマーとはイェジン農科大学、教育省東南アジア歴史地域センターと新たに協定を締結し、従来困難であったミャンマーにおける総合地域研究が開始されました。

以下は、京都大学東南アジア研究所と学術交流協定を締結している機関の一覧です。