京都大学東南アジア研究所は東南アジア諸国などの多数の大学および研究機関と学術交流協定（MOU, Memorandum of Understanding）を締結しています。京都大学大学院アジア・アフリカ地域研究研究科も含めた、3者間の協定とすることも少なくありません。これらの協定に基づいて、研究者の交流を促し、図書資料や研究論文などの学術情報を交換し、またセミナー、会議、シンポジウムの開催を含めた共同研究を実施しています。

京都大学東南アジア研究所との大学・研究所間交流協定は、インドネシアのハサヌディン大学のほかフィリピン大学、シンガポール国立大学、ハノイ農業大学などと締結され、共同プロジェクトを通じて活発な研究交流が行われています。タイのプリンス・オブ・ソンクラー大学理学部との間では、共同研究および研究者交流に関する覚書（MOU）が交わされています。また、ミャンマーとはイェジン農科大学、教育省東南アジア歴史地域センターと新たに協定を締結し、従来困難であったミャンマーにおける総合地域研究が開始されました。

以下は、京都大学東南アジア研究所と学術交流協定を締結している機関の一覧です。

 

締結年月日	国　名	機関名
2017/02/27	インドネシア共和国	マトラム大学数学自然科学部
2016/10/13	ブラジル連邦共和国	ミナス・ジェライス連邦大学
2016/07/25	タイ王国	チェンマイ大学社会科学部
2016/06/01	英国	アベリストウィス大学
2016/05/25	カンボジア王国	王立プノンペン大学
2016/03/04	カンボジア王国	王立農業大学
2016/03/01	カンボジア王国	王立芸術大学
2016/02/02	台湾	国立暨南国際大学東南アジア研究学部
2016/02/02	台湾	国立暨南国際大学東南アジア研究所
2016/02/01	台湾	国立政治大学東南アジア研究所
2016/01/27	中華人民共和国	北京大学東南アジア研究所
2015/07/23	台湾	台湾中央研究院アジア太平洋地域研究センター・人文社会学研究センター
2015/07/02	英国	ロンドン大学 東洋アフリカ学院
2015/06/18	フィリピン共和国	サンカルロス大学セブアノ研究センター
2015/03/18	インドネシア共和国	バンカブリトゥン大学社会政治学部
2015/03/10	エストニア共和国	タリン大学
2015/01/05	タイ王国	シラパコーン大学大学院
2014/12/04	オーストラリア連邦	シドニー大学シドニー東南アジア研究センター
2014/11/02	ベトナム社会主義共和国	ベトナム社会科学院南部社会科学研究所
2014/10/24	フィリピン共和国	アテネオ・デ・マニラ大学社会学部
2014/10/16	インドネシア共和国	アンダラス大学バイオテクノロジー及びバイオインフォマティクス研究センター
2014/10/06	英国	レスター大学地理学科
2014/09/11	インドネシア共和国	タンジュンプラ大学社会政治学部
2014/07/03	マレーシア	マレーシア林業研究開発委員会
2014/06/11	インドネシア共和国	ガジャマダ大学社会政治学部
2013/12/20	スウェーデン王国	ストックホルム大学アジア研究フォーラム
2014/04/09	ラオス人民民主共和国	ラオス農林省国立農林業研究所
2014/03/17	タイ王国	タマサート大学プリーディー・パノムヨン国際学部
2014/01/13	東ティモール民主共和国	東ティモール大学
2013/12/12	フィリピン共和国	フィリピン開発学院
2013/11/12	中華人民共和国	香港城市大学東南アジア研究センター
2013/10/29	タイ王国	プリンス・オブ・ソンクラ大学理学部
2013/10/09	タイ王国	ウボン・ラチャタニ大学政治学部
2013/10/09	ドイツ連邦共和国	パサウ大学東南アジア開発研究プログラム
2013/08/31	ネパール連邦民主共和国	トリブバン大学ネパール・アジア研究所
2013/06/10	フィリピン共和国	ミンダナオ国立大学イリガン工科校
2013/03/28	ドイツ連邦共和国	フライブルグ大学東南アジア研究プログラム
2013/03/05	台湾	国立暨南国際大学大学院東南アジア研究科
2012/12/11	ブルネイ・ダルサラーム国	ブルネイ・ダルサラーム大学アジア研究所
2012/08/02	アメリカ合衆国	カリフォルニア大学バークレー校東南アジア研究センター
2012/06/28	オランダ王国	アジア国際研究所
2012/06/22	ベトナム社会主義共和国	ハノイ農業大学
2012/06/15	インドネシア共和国	リアウ大学
2012/04/01	ブータン王国	ブータン王国保健省
2012/03/22	アメリカ合衆国	コーネル大学東南アジアプログラム
2012/03/01	中華人民共和国	上海海洋大学食品学院水産品加工及貯蔵工程学科
2011/06/03	ブータン王国	ブータン王立大学シェルブッシェ・コレッジ
2011/06/13	タイ王国	チェンマイ大学農学部
2010/01/07	インドネシア共和国	パジャジャラン大学調査社会連携研究所
2008/02/25	エジプト・アラブ共和国	カイロ大学アジア研究所・政経学部
2007/10/10	インドネシア共和国	スルタン・アグン・ティルタヤサ大学
2007/05/17 2007/05/18 2007/05/30	ラオス人民民主共和国	ラオス国立大学林学部、 農学部、 社会科学部
2006/04/28	大韓民国	韓国東南アジア研究所
2006/04/09	インドネシア共和国	チェンデラワシ大学
2004/09/15	タイ王国	コンケン大学医学部
2004/08/09	インドネシア共和国	国立イスラーム大学
2002/09/17	バングラデシュ人民共和国	バングラデシュ国際下痢症研究センター
2002/03/25	ミャンマー連邦共和国	東南アジア教育省組織歴史伝統地域センター
2002/03/11	ミャンマー連邦共和国	イェジン農科大学
2001/07/23	インドネシア共和国	インドネシア国立地理調査機構
2002/10/26	シンガポール共和国	シンガポール国立大学人文社会科学学部
2001/09/05	インドネシア共和国	ハサヌディン大学研究機構及び大学院プログラム