京都大学東南アジア研究所は、いろいろな形で海外における論文指導を実施しています。ジャカルタ連絡事務所やバンコク連絡事務所における駐在を利用した論文指導はその例です。また、国際交流基金プログラムによる東南アジアの国への派遣を利用した論文指導もあります。さらに、共同研究プログラムにおける研究協力者として論文を共同執筆することによる実質的な論文指導もあります。さらに、日本学術振興会を利用した論博プログラムを通じた論文指導も多く実施しています。

また、東南アジア研究所教員の出張や、ジャカルタやバンコクの連絡事務所駐在、さらにフィールドステーションを通じてアジアアフリカ地域研究研究科等の学生に対する指導も実施してきました。

今後このような海外における論文指導を増加させ、教育交流を発展させてゆきます。